Balkan Savaşı’nın hemen ardından Birinci Dünya Savaşı başlayınca Karaköy’de bulunan Saint Benoit Lisesi’ne hükümet el koyar ve okul binası İstanbul Sultanisi’ne tahsis edilir.1918 yılına kadar bu binada eğitimine devam eden okulun bir bölümü savaş yıllarında hastane olarak kullanıldığından duvarlar zamanın hastane rengi olan sarıya boyanır. 1915 yılında Çanakkale Savaşı’nın başlamasıyla 50 İstanbul Sultanisi öğrencisi, vatanlarını savunmak için gönüllü olarak savaşa katılırlar. Ancak 18 Mayıs’ı 19 Mayısa bağlayan gece saat 03.30 da, II. Tümene bağlı öğrencilerin hepsi Kabatepe’de şehit düşerler. Öğrencilerin şehit olduğu haberi okula ulaşınca, okul koyu bir yas havasına bürünür. Geride kalan öğrenciler matemlerini dile getirmek için şehit arkadaş ve ağabeylerinin anısına pencere pervazlarını ve kapıları siyaha boyarlar. Okulun renklerin böylece sarı – siyah olarak benimsenir. Bu iki renk, o tarihten bugüne kadar dayanışma ve beraberliğin simgesi olacaktır.
Atatürk’ün “Biz Çanakkale’de bir Darülfünun gömdük!” sözü, ülkelerini savunmak uğruna şehit düşen okumuş nesillerin kaybının memleket için ne denli mühim olduğundan ve zaferin ne büyük bir fedakarlık sonucu elde edildiğinin bir kanıtıdır.